Por otro lado, el proceso por lotes alimentados es un modo de funcionamiento semicontinuo en el que los nutrientes se añaden al biorreactor en incrementos, sin retirar el medio de cultivo. En lugar de mantener un volumen constante, el volumen del cultivo puede aumentar durante el proceso. El objetivo es prolongar la fase de crecimiento exponencial de las células y, posteriormente, la fase de producción del producto deseado.

La alimentación por lotes se utiliza mucho por su sencillez y eficacia. Permite un buen control de la concentración de nutrientes y de la tasa de crecimiento celular, lo que es crucial para optimizar la producción de biomasa y productos. Evitando la acumulación excesiva de productos tóxicos y controlando la tasa de alimentación de nutrientes, se puede mejorar significativamente la productividad global.

Este método es especialmente útil en la producción de productos que no toleran bien las condiciones de alta densidad celular o son más susceptibles a la acumulación de productos tóxicos. Además, en comparación con la perfusión, el fed-batch suele requerir menos inversión en equipos y es más fácil de aplicar a escala industrial.

Sin embargo, la alimentación por lotes también presenta retos. Por ejemplo, la acumulación de productos de desecho puede provocar la inhibición del crecimiento celular o la degradación del producto si no se maneja adecuadamente. Además, las variaciones en la adición de nutrientes pueden provocar fluctuaciones en la calidad del producto, lo que puede ser un problema en aplicaciones que requieran una gran constancia.